C’est un compartiment polyvalent, elle sert à emmagasiner les composés organiques, mais également des ions (potassium, calcium, etc.…) et dans les cellules végétale c’est la vacuole qui rempli le rôle des lysosomes, ainsi on trouve des enzymes à l’intérieur. La vacuole joue un rôle important dans la croissance des cellules végétales et cette vacuole elle naît de la fusion des petites vacuoles qui elles–mêmes viennent de l’appareil de Golgi.