L'en-tête est de début du fichier. Il contient les éléments suivants :
# <code>syntaxhighlight '''lang="tex" inline>\version'''{{rouge|"2.18.2"}}</codesyntaxhighlight> : indique la version de LilyPond pour laquelle le fichier a été écrit. Cela permet de voir s'il faut modifier le fichier lorsque l'on utilise une autre version de LilyPond. Le texte situé après le signe pourcent <code>%</code> est un commentaire : ce texte n'est pas interprété par LilyPond.
# <codesyntaxhighlight lang="tex" inline>'''\paper {…}'''</codesyntaxhighlight> : donne des informationinformations sur la page que l'on va utiliser ; ici, l'instruction <code>make-footer=##f</code> indique qu'il ne faut pas créer de pied de page ''({{lang|en|footer}})''.
# <codesyntaxhighlight lang="tex" inline>'''\header {…}'''</codesyntaxhighlight> : décrit l'en-tête de la partition, c'est-à-dire ce qui est écrit en haut de page. La variable <code>{{ceci|title}}</code> permet de définir le titre de la partition et la variable <code>{{ceci|composer}}</code> définit le nom du compositeur ou de la compositrice.
