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L''''habenula''' est une paire de noyaux assez petite, avec une paire par hémisphère. Chez beaucoup de vertébrés, les deux paires sont asymétriques : l'une est plus grosse que l'autre, ce qui donne une asymétrie entre les deux hémisphères. Mais chez les mammifères, cette asymétrie est cependant assez faible, parfois totalement absente. Elle reçoit des afférences de structures cérébrales diverses : thalamus, hypothalamus, ganglions de la base, hippocampe, gyrus denté, etc. Ses éfférences innervent les noyaux dopaminergiques et sérotoninergiques du tronc cérébral, ainsi que les noyaux interpédonculaires et l'hypothalamus. Son rôle n'est pas très connu, mais on a des pistes assez solides : elle serait impliquée dans le contrôle des mouvements (en relation avec les ganglions de la base) ou encore dans la régulation des émotions et comportements, peut-être dans l'horloge biologique...
 
L'anatomie de l'habenula est assez simple, de ce qu'on en sait. Chaque habenula (une par hémisphère) regroupe deux noyaux : un noyau médian et un noyau latéral. Les deux noyaux sont bien séparés et ont des afférences/éfférences bien distinctes. Si on analyse leurs connexions avec le reste du cerveau, on voit que l'habenula latérale est surtout connectée à des régions motrices, alors que l'autre est surtout connectée à des régions associatives (limbiques, pour être précis).
* Le '''noyau habénulaire latéral''' reçoit de nombreux axones de la part des ganglions de la base et de l'hypothalamus latéral, regroupés dans un faisceau appelé la strie médullaire (''stria medullaris''). Il émet des axones en direction des noyaux dopaminergiques et sérotoninergiques du tronc cérébral. Les cibles principales sont l'aire tegmentale ventrale et la substance noire, ainsi que les noyaux du Raphé. L'habenula latérale émet aussi des éfférences vrsvers l'hypothalamus, mais elles sont mineures. Il s'agit d'un noyau moteur, qui ferait partie des ganglions de la base au vu des connexions qu'il a avec ces derniers.
* Le '''noyau habénulaire médian''' reçoit des axones provenant du ''septum'', de l'hippocampe et de l'amygdale. Elle émet des axones en direction des noyaux interpédonculaires du tronc cérébral. Les éfférences vers les noyaux interpédonculaires seraient essentiellement cholinergiques et GABAergiques.
 
===Le sous-thalamus===
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