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La sérotonine, quant à elle, est dégradée en acide 5-hydroxyindolacétique (''5-HIAA''), un composé qui est éliminé dans le sang et excrété par les urines. Cette dégradation est catalysée par la monoamine-oxydase de type A, qui catalyse aussi la dégradation d'autres monoamines, comme la dopamine.
==Le métabolisme des opioïdes endogènes==
Comme dit dans les chapitres précédents, les opioides endogènes sont des molécules semblables à la morphine, produites naturellement dans le cerveau. Elles agissent sur les récepteurs opioides mu, kappe et delta. Elles ont un effet analgésique, améliorent l'humeur, ont un effet sédatif et anxiolytique, ainsi que d'autres effets annexes. Elles sont classés en cinq catégories : les endorphines, les endomorphines, les enképhalines, les dynorphines, et le reste. Chacune de ces classes regroupe plusieurs molécules chimiquement proches.
===La synthèse des opioïdes endogènes===
Il existe plusieurs gènes qui sont à l'origine des opioïdes endogènes. Les plus connus sont le gène des enképhalines, le gène des dynorphines et le gène de la Pro-opiomélanocortine. Ces gènes produisent des précurseurs protéiques, des protéines de grande taille qui sont découpées pour donner les peptides finaux. Ils donnent naissance respectivement aux précurseurs nommés pro-enképhaline, pro-dynorphine et Pro-opiomélanocortine. Pour simplifier, ils donnent respectivement naissance aux enképhalines, aux dynorphines et aux endorphines, avec quelques exceptions. Le clivage des précurseurs protéiniques est réalisé par les prohormones-convertases, un ensemble d'enzymes protéolytiques. Comme leur nom l'indique, elles clivent les précurseurs protéiniques en neuropeptides et en hormones. Il en existe plusieurs, qui portent les noms de PC1 (Prohormone Convertase 1), PC2, PC3, etc.
La ''pro-enképhaline'' est produite par un seul gène et, comme son nom l'indique, elle donne naissance aux enképhalines. Elle est la seule source de la met-enképhaline, mais peut aussi produire une partie de la leu-enképhaline (qui est aussi produite par d'autres voies métaboliques). Son clivage donne naissance à six molécules de met-enképhaline et une de leu-enképhaline. Des clivages alternatifs peuvent donner naissance à d'autres opioïdes endogènes, comme l'adrénorphine, l'amidorphine, et quelques autres.
La ''pro-dynorphine'' est elle aussi produite par un gène unique, et son clivage donne naissance à de nombreux peptides endogènes. Son clivage produit naturellement certaines dynorphines, mais aussi de la leu-enképhaline et certaines dynorphines.
La ''Pro-opiomélanocortine'' est un précurseur protéinique, codé par un unique gène. Elle est surtout produite dans les cellules neuro-endocrines de l'hypophyse et de l'hypothalamus, ainsi que dans certaines cellules de la peau. Son clivage donne naissance aux endorphines, ainsi qu'à des molécules de la classe des mélanocortines. La POMC subit une série de clivages successifs, qui donne naissance à plusieurs peptides. Le premier clivage donne : le peptide CLIP, la bêta-LPH (bêta-Lipotropine) et l'hormone adrénocorticotrope (ACTH). La LPH est ensuite fragmentée pour donner les trois types d'endorphines, mais majoritairement de la bêta-endorphine. L'ACTH et le reste de la molécule sont ensuite découpés pour donner les deux mélanocortines gamma- et alpha-MSH. La succession de clivages est illustré dans le schéma ci-dessous.
[[File:Gene POMC.png|centre|vignette|upright=2.0|Gène et précurseur Pro-opiomélanocortine, ainsi que les peptides obtenus par clivage.]]
==Le métabolisme des endocannabinoïdes==
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