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La sérotonine, quant à elle, est dégradée en acide 5-hydroxyindolacétique (''5-HIAA''), un composé qui est éliminé dans le sang et excrété par les urines. Cette dégradation est catalysée par la monoamine-oxydase de type A, qui catalyse aussi la dégradation d'autres monoamines, comme la dopamine.
==Le métabolisme des endocannabinoïdes==
[[File:Endocannabinoid.svg|vignette|upright=1.5|Effet de l'activation des récepteurs CB1 sur un neurone.]]
Les endocannabinoïdes sont des neurotransmetteurs qui ont un rôle régulateur. Ils agissent des récepteurs qui sont localisés uniquement sur les neurones pré-synaptiques. Ils ont un effet inhibiteur, ce qui fait que leur rôle est d'inhiber les neurones pré-synaptiques, sous certaines circonstances. Les endocannabinoïdes sont libérés par les neurones post-synaptiques quand ils sont fortement stimulés. Plus précisément, l'entrée de Calcium dans le neurone post-synaptique active diverses enzymes qui fabriquent les endocannabinoïdes. Les endocannabinoïdes sont ensuite libérés dans la fente synaptique et se déplacent jusqu’au neurone pré-synaptique. Là, ils activent les récepteurs aux endocannabinoïdes (les récepteurs CB1), ce qui réduit l'activité présynaptique. On peut voir ce mécanisme comme un mécanisme de régulation, qui ralentit l'activité cérébrale quand elle est trop importante. Si un neurone présynaptique est trop actif, il tend à trop activer le neurones post-synaptique lié. Ce faisant, ce dernier libère des endocannabinoïdes pour ralentir le neurone présynaptique.
L'ensemble du mécanisme est illustré ci-contre.
===La synthèse des endocannabinoïdes===
Une particularité des endocannabinoïdes est leur stockage et leur synthèse. Contrairement aux autres neurotransmetteurs, ils ne sont pas stockés dans des vésicules synaptiques et sont produits sur demande immédiate. Ils sont synthétisés dans le cerveau à partir de lipides précurseurs et y sont présents en faibles quantités. Ces précurseurs ne sont pas présents dans le cytoplasme des neurones, mais sont enchâssés dans la membrane cellulaire. Les endo-cannabinoïdes sont synthétisés directement dans la membrane neuronale, par l'hydrolyse des précurseurs de la membrane, et sont libérés à l'extérieur du neurone suite à ce processus. Cette synthèse est déclenchée suite à l'entrée de Calcium dans le neurone, suite à l'activation de récepteur synaptiques précis.
Ils sont dégradées par l'enzyme FAAH (''fatty acid amide hydrolase'', Hydrolase des amides d'acides gras en français), par les réactions chimiques suivantes :
* anandamide + eau = acide arachidonique + éthanolamine ;
* oléamide + eau = acide oléique + ammoniac.
==Les troubles de la synthèse et de la dégradation des neurotransmetteurs==
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