Le cortex entorhinal est un cortex à 6 couches, similaire au néocortex usuel. La seule différence avec le néocortex normal est que sa couche numéro 4 est assez peu développée, sans compter que celle-ci n'est que peu reliée au thalamus. Il est divisé en deux sections nommées '''cortex entorhinal médian''' et '''cortex entorhinal latéral'''. Comme dit plus haut, le cortex entorhinal fait l'interface entre les deuxcortex autrespérirhinal cortexet parahippocampique et la région hippocampique. Au niveau des entrées, le cortescortex entorhinal recoitreçoit des axones des deux cortex parahippocampique et périrhinal. Précisément, le cortex entorhinal médian reçoit de nombreux axones de l'aire parahippocampique, alors que la portion latérale reçoit surtout des afférences du cortex périrhinal. Il reçoit aussi quelques axones en provenance du subiculum et de la couche CA1 de l'hippocampe. Ceux-ci se connectent sur les couches 4 et 5. Au niveau des sorties, le cortex entorhinal envoie de nombreux axones vers l'hippocampe, le gyrus denté et vers les couche CA3 et CA1. L'ensemble des axones émis par le cortex entorhinal vers l'hippocampe forme ce qu'on appelle la '''voie perforante'''. Celle-ci prend naissance dans les couches 2 et 3, soit les couches basses. La voie perforante se divise ensuite en deux : une voie en direction du gyrus denté, et une voie temporo-ammonique en direction des couches CA1/CA3.
[[File:Afférences et éfférences du cortex entorhinal avec l'hippocampe.png|centre|Afférences et éfférences du cortex entorhinal avec l'hippocampe.]]
