Le cortex entorhinal est un cortex à 6 couches, similaire au néocortex usuel. La seule différence avec le néocortex normal est que sa couche numéro 4 est assez peu développée, sans compter que celle-ci n'est que peu reliée au thalamus. Il est divisé en deux sections nommées '''cortex entorhinal médian''' et '''cortex entorhinal latéral'''. LaSi premièreles cortex périrhinaux et parahippocampique s'interfacent entre le cortex entorhinal et le reste du cerveau, le cortex entorhinal fait l'interface entre les deux autres cortex et la région hippocampique. Au niveau des entrées, le cortes entorhinal recoit des axones des deux cortex parahippocampique et périrhinal. Précisément, le cortex entorhinal médian reçoit de nombreux axones de l'aire parahippocampique, alors que la secondeportion latérale reçoit surtout des afférences du cortex périrhinal. Au niveau des sorties, le cortex entorhinal envoie de nombreux axones vers l'hippocampe, vers la couche CA3 et le gyrus denté. Il reçoit aussi quelques axones en provenance du subiculum et de la couche CA1 de l'hippocampe.
