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Les neurotransmetteurs sont libérés quand un potentiel d'action atteint le bout de l'axone, le fameux bouton synaptique. Ceux-ci étaient préalablement stockés dans le neurone, dans des espèces de sac à neurotransmetteurs : les '''vésicules synaptiques'''. Il faut noter que toutes les vésicules contiennent le même nombre de molécules de neurotransmetteur. Ainsi, la quantité de neurotransmetteurs libérée dans la fente synaptique dépend uniquement du nombre de vésicules qui fusionneront avec la membrane cellulaire. Il arrive qu'un neurone soit tellement stimulé qu'il se vide de toutes ses vésicules synaptiques : n'ayant plus de vésicules, il ne peut plus émettre de neurotransmetteurs, causant une fatigue synaptique. Quand un potentiel d'action arrive au bout d'un axone, les vésicules fusionnent avec la membrane de la cellule, déversant leur contenu à l'extérieur du neurone, dans la fente synaptique. Le mécanisme de cette fusion est relativement simple : le potentiel d'action entraine l'ouverture de canaux ioniques calcique, le calcium introduit ainsi dans l'axone. entrainant une cascade de réactions chimiques qui fait fusionner les vésicules avec la membrane de l'axone. A ce propos, on a observé que si on privait le milieu extracellulaire de calcium, les neurones ne pouvaient pas faire fusionner leurs vésicules. Évidemment, le calcium qui est rentré dans la cellule est éliminé via des pompes calcique. Cela évite au neurone d'émettre des vésicules en continu après une première entrée de calcium.
 
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Une fois qu'ils ont traversé la fente synaptique, les neurotransmetteurs se connectent à une molécule spécialisée : un '''récepteur synaptique'''. D'ordinaire, la liaison entre un récepteur et un neurotransmetteur a tendance à faire monter la tension de membrane : cette augmentation est alors appelée un '''potentiel postsynaptique excitateur''', ou PPE. Il arrive cependant que cette liaison aie l'effet inverse : elle diminue la tension de membrane. C'est alors un '''potentiel postsynaptique inhibiteur''', ou PPI. Ces potentiels inhibiteurs tendent à empêcher un neurone d'émettre un potentiel d'action. Un neurone présynaptique peut avoir un effet qui est soit excitateur, soit inhibiteur sur le neurone postsynaptique : on parle respectivement de neurones excitateurs et inhibiteur. A tout moment, le neurone fait en quelque sorte la somme des PPE et PPI qui lui parviennent sur sa dendrite. Si celle-ci dépasse un seuil bien précis, il émet un potentiel d'action. Cela arrive si suffisamment de neurotransmetteurs sont libérés dans la fente synaptique : les effets des PPE et PPI induits par chaque neurotransmetteur s'additionnent, pouvant faire dépasser le seuil. C'est ce qu'on appelle la '''sommation spatiale''' des signaux nerveux. En plus de cette sommation spatiale, on trouve aussi une '''sommation temporelle''' : une succession très rapide de PPE ou PPI peuvent cumuler leurs effets s'ils sont très rapprochés dans le temps.