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Après des études de chimie à la Technische Hochschule de [[Aachen]], à l'université de [[Würzburg]], et à l'université de [[Leipzig]], Otto Schott soutint une thèse de doctorat sur la chimie du [[verre]] à l'[[université d'Iéna|université Friedrich Schiller]] de Iéna. De retour dans la maison de ses parents, il poursuivit ses expériences et inventa une sorte de verre contenant du lithium. Il envoya notamment un échantillon à [[Ernst Abbe]]. Les échantillons de Schott atteignaient pour la première fois une homogénéité, qui rendait possible de réaliser des mesures spectrométriques. Il développa ensuite jusqu'en 1884 des verres, qui possédaient des propriétés optiques jusque là totalement inconnues. Dans le même temps, il commenca à fabriquer des caches en verre pour les préparations microscopiques à la fabrique de verre de Witten. Il brisa ainsi le monopole que détenaient jusque là les industriels anglais dans ce domaine, car il fabriquait ces caches vingt pourcent moins cher.
 
Après un échange épistolaire avec le physicien Ernst Abbe, il déménagea à Iéna. Là-bas, il fonda en 1884 avec Ernst Abbe et Carl Zeiss un laboratoire de recherche sur les techniques verrières, qui devint plus tard l'entreprise [[Schott]].