Né à Brooklyn de mèrepère juivejuif et de pèremère catholique<ref>http://www.jewishvirtuallibrary.org/jsource/biography/Witkin.html</ref>, Witkin est témoin à l'age de six ans d'un accident de voiture prémonitoire de son univers photographique : la tête coupée d'une petite fille roule à ses pieds. Dès l'âge de 16 ans, Witkin prend en photo des monstres. Il étudie la sculpture et obtient une licence de beaux-arts en 1974. Après son installation à [[Albuquerque]], il fait une thèse sur la photographie et enseigne à l'université<ref>« Joel-Peter Witkin », article de Christine Buignet dans le ''Dictionnaire mondial de la photographie'', [[Éditions Larousse|Larousse]], 1994.</ref>.