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* Par la suite (une rémission est possible entre temps), peuvent apparaître diverses complications :
** Atteinte [[Néphron#Le glomérule|glomérulaire]] : les plus fréquentes sont les atteintes de type III (glomérulonéphrite proliférative segmentaire et focale), et celles de type IV (glomérulonéphrite proliférative diffuse) qui sont un des critères de gravité de la maladie.
** Atteinte du [[système nerveux central]] : manifestations neurologiques causées par la formation de lésions cérébrales démyélinisantes ([[convulsion]]s, [[comitialité]], [[paresthésies]], [[fourmillements]]), perte de sensibilité des membres, ''etc'', ou troubles psychiatriques ([[psychose]]s)<ref>''Dictionnaire des maladies'' par le {{Dr}} Prudhomme et le {{Pr}} d'Ivernois</ref>.
** [[Maladie cardio-vasculaire|Problèmes cardiovasculaires]] : on trouve des [[péricardite]]s (très [[corticosensible]]s), une association fréquente au [[Syndrome des antiphospholipides]] ([[Syndrome des antiphospholipides|SAPL]]), des [[endocardites fibreuses aseptiques de Libman-Sacks]] (liées au [[Syndrome des antiphospholipides|SAPL]]), des [[myocardite]]s, mais aussi une augmentation de la prévalence de la maladie athéromateuse par rapport à la population générale<ref>{{cite journal | author=Yu Asanuma, M.D., Ph.D., Annette Oeser, B.S., Ayumi K. Shintani, Ph.D., M.P.H., Elizabeth Turner, M.D., Nancy Olsen, M.D., Sergio Fazio, M.D., Ph.D., MacRae F. Linton, M.D., Paolo Raggi, M.D., and C. Michael Stein, M.D. | title=Premature coronary-artery atherosclerosis in systemic lupus erythematosus
| lang=en | journal=New England Journal of Medicine | volume=349 | issue=Dec. 18 | year=2003| pages=2407–2414 | doi = 10.1056/NEJMoa035611 | pmid = 14681506 |url = http://content.nejm.org/cgi/content/abstract/349/25/2407}}</ref>{{,}}<ref>{{cite journal | author=Bevra Hannahs Hahn, M.D. | title=Systemic lupus erythematosus and accelerated atherosclerosis |lang=en | journal=New England Journal of Medicine | volume=349 | issue=Dec. 18 | year=2003 | pages=2379–2380 | url = http://content.nejm.org/cgi/content/full/349/25/2379 | pmid =14681501 | doi=10.1056/NEJMp038168}}</ref>{{,}}<ref> {{cite journal | author=Mary J. Roman, M.D., Beth-Ann Shanker, A.B., Adrienne Davis, A.B., Michael D. Lockshin, M.D., Lisa Sammaritano, M.D., Ronit Simantov, M.D., Mary K. Crow, M.D., Joseph E. Schwartz, Ph.D., Stephen A. Paget, M.D., Richard B. Devereux, M.D., and Jane E. Salmon, M.D. | title=Prevalence and correlates of accelerated atherosclerosis in systemic lupus erythematosus | lang=en | journal=New England Journal of Medicine | volume=349 | issue=Dec. 18 | year=2003 | pages=2399–2406 | doi = 10.1056/NEJMoa035471