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Abbe fut professeur à l’université d'Iéna en 1870, directeur des observatoires astronomiques et météorologiques en 1878, associé puis successeur de [[Photographie/Personnalités/Z/Carl Zeiss|Carl Zeiss]] en 1866 à la direction de sa société. Il développa la théorie de la formation des images dans les microscopes en 1872 et mit au point le condenseur pour en améliorer la qualité. Il perfectionna le microscope grâce à ses travaux sur l'élimination de l’[[aberration sphérique]] et la [[coma]] des lentilles. Il est l'inventeur du [[prisme d'Abbe]]. Il introduit le [[nombre d'Abbe]] qui est une grandeur essentielle en optique oculaire : le rapport de la réfraction avec la dispersion, encore appelé [[constringence]]. Il établit la condition d'[[aplanétisme]] des systèmes centrés (''relation des sinus d'Abbe'').
 
Ernst Abbe créa avec [[Otto Schott]] et [[Photographie/Fabricants/Carl Zeiss|Carl Zeiss]] la verrerie "[[Schott AG|Jenaer Glaswerke Schott & Genossen]]" en 1884.
 
Il fut le fondateur en 1891 de la [[fondation Zeiss]].