Souvent, lL'aliment "de départ" est rarement stérile. Avant unesa transformation, il possèdeabritait déjà une « flore » initiale. A cette flore initiale s'ajoutent d'autres micro-organismes quiapportés proviennentpar l'air ou des différentescontacts liés aux manipulations successives subies par l'aliment. En général, les micro-organismes présents naturellement présents dans ou sur l'aliment ne sont pas pathogènes car peu nombreux. Ils sont souvent commensaux ou [[w:saprophyte|saprophyte]]s et leur nombre est très souvent réduit par les différente méthodes de préparation et de transformation (lavage des légumes, cuisson, réfrigération...). Par contre, les micro-organismes pathogènes ou responsables d'altérations sont apportés par diverses façons :
* Par l'homme (mains sales, cheveux...)
* Par les insectes (mouches)
* Par du matériel souillé
* Par l'air.
On obtient donc des aliments avec une flore très différente de celle présente au départ. L'aliment peut devenir dangereux s'il contient des micro-organismes pathogènes produisant des toxines[[toxine]]s. Les techniques dites "de bonnes pratiques et d'hygiène" renforcées par des méthodes spécifiques de suivi de la qualité, vont permettre de limiter les problèmes sanitaires.
