Le microbiologiste s'intéresse aux aliments pour deuxquatre grandes raisons principales:
# '''Pour des raisons économiques''' : pendant laleur fabrication ou le stockage, desles aliments, ils sont altérés par l'oxydation, l'action des enzymes présentés dans ceux-ci, ainsi que par des micro-organismes (bactéries, champignons, invertébrés..) qui vont se multiplier et les rendre impropres à la consommation. <br>L'altération microbienne est la plus fréquente car tous les aliments sont des substrats éventuels pour les microbes. Il est donc nécessaire de suivre la qualité microbiologique des aliments pour éviter des pertes de production pour les industriels, ou pour éviter une mauvaise publicité due à une affaire d'[[w:intoxication alimentaire|intoxication alimentaire]].
# '''Pour des raisons de santé publique''' : les aliments peuvent devenir nuisiblestoxiques sous l'action desde certains microbes, ce qui aura donc des conséquences sur la santé des consommateurs. La qualité microbiologique des aliments est donc surveillée par des organismes compétents ([[w:DGCCRF|DGCCRF]], [[w:DSV|DSV]])afind'pour éviter des intoxications alimentaires
# '''Pour respecter la législation''' : Divers régèlements, lois, décrets, arrêtés imposent certains suivis qualitatifs d'aliments
#''' Pour le suivi ou la sélection de « ''bons microbes'' »''' dans le cas de processus artisanaux ou industriels utilisant ces microbes pour la production d'aliments (yoghourt, fromage, pain, bière, vin et autres alcools, choucroute, etc..)
