Souvent,l'aliment "de départ" est rarement stérile. Avant une transformation, il possédepossède une flore initiale. A cette flore initiale s'ajoutent d'autres micro-organismes qui proviennent des différentes manipulations. En général, les micro-organismes présents naturellement dans l'aliment ne sont pas pathogènes car peu nombreux. Ils sont commensaux ou [[w:saprophyte|saprophyte]]s et leur nombre est très souvent réduit par les différente méthodes de préparation et de transformation (lavage des légumes, cuisson, réfrigèrationréfrigération...).Par contre, les micro-organismes pathogènes ou responsables d'altérations sont apportés par diverses façons :
*Par l'homme (mains sales, cheveux...)
*Par les insectes (mouches)
Ligne 6 :
*Par l'air.
On obtient donc des aliments avec une flore tréstrès différente de celle présente au départ. L'aliment peut devenir dangereux s'il contient des micro-organismes pathogènes produisant des toxines. Les techniques dites "de bonnes pratiques et d'hygiène" renforcées par des méthodes spécifiques de suivi de la qualité, vont permettre de limiter les problèmes sanitaires.
