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La médecine hippocratique est donc fondée, de manière générale, sur l'observation et le raisonnement. Les ''Épidémiques'' comprennent ainsi des séries d'observations quotidiennes effectuées par le médecin sur son patient : il commence par décrire précisément les symptômes puis observe jour après jour l'état général (calme, agitation) en veille et pendant le sommeil. Son examen porte aussi sur l'état de la langue, l'urine et les selles. Un effort de rationnalisation est fait : on distingue fièvre tierce ou quarte suivant le rythme observé dans les poussées de fièvre.
[[Image:HippocraticOath.jpg|thumb|left|Le Serment d'Hippocrate sur un manuscrit byzantin du {{XIIe siècle}}, [[Bibliothèque vaticane]]]]
Deuxièmement, l'enseignement hippocratique tente de se donner un cadre théorique. Le plus connu est la théorie des [[humeur]]s ([[bile|bile jaune]], bile noire ou [[atrabile]], phlegme ou [[lymphe]] et [[sang]]), dont le déséquilibre cause maladie physique mais aussi trouble psychique. On sait que d'autres attribuent la cause des maladies aux déséquilibres entre le chaud et le froid, le sec et l'humide dans le corps. Cependant, d'autres auteurs comme ceux de ''Sur l'ancienne médecine'' ou ''Sur la nature de l'homme'' mettent en garde contre toute tentation de simplification excessive : pour eux, le médecin doit avant tout agir et réfléchir de manière empirique.
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Outre la recherche des grandes causes des maladies, les médecins hippocratiques s'intéressent à des problèmes de nature plutôt théorique, comme la [[croissance biologique]] (comment l'alimentation aboutit-elle à une croissance du corps) et la [[reproduction (biologie)|reproduction]] (comment la semence peut-elle donner naissance à un être complet ?). Sur un plan plus pratique, ils étudient le fonctionnement du corps humain, faisant ainsi considérablement progresser l'[[anatomie]]. Pour ce faire, ils se fondent surtout sur des connaissances cliniques : ainsi, la connaissance des os et des tendons se fonde probablement sur l'étude des [[entorse]]s et autres [[luxation]]s. Les médecins recourent également, dès cette époque, à la [[dissection]], mais la pratique reste très marginale.
Enfin, l'enseignement hippocratique repose sur une véritable [[Déontologie professionnelle|déontologie]] médicale, exprimée dans le traité ''Sur l'ancienne médecine'', les ''Aphorismes'' du Corpus et surtout le célèbre ''[[Serment d'Hippocrate]]'', qui commence ainsi :
<blockquote>
« Je jure par Apollon, médecin, par Esculape, par Hygie et Panacée, par tous les dieux et toutes les déesses, les prenant à témoin que je remplirai, suivant mes forces et ma capacité, le serment et l'engagement suivant. (…)
Je dirigerai le régime des malades à leur avantage, suivant mes forces et mon jugement, et je m'abstiendrai de tout mal et de toute injustice. Je ne remettrai à personne du poison, si on m'en demande, ni ne prendrai l'initiative d'une pareille suggestion ; semblablement, je ne remettrai à aucune femme un pessaire abortif. Je passerai ma vie et j'exercerai mon art dans l'innocence et la pureté<ref>Traduction d'[[Émile Littré]].</ref>… »
</blockquote>
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